Implementasi pelaksanaan tugas dan fungsi pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bangkalan selanjutnya dijewantahkan melalui susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bangkalan yang mencerminkan tugas dan fungsi dari masing-masing unit satuan kerja.

Susunan Organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bangkalan terdiri atas :

1. Sub Bagian Tata Usaha
2. Seksi Pendidikan Madrasah
3. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren
4. Seksi Pendidikan Agama Islam
5. Seksi Penyelenggara Haji dan Umrah
6. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam
7. Penyelenggara Binsyar
8. Kelompok Jabatan Fungsional